Tu peux ajouter des chapitres à ta vidéo tout simplement.

ChapterEditor:

http://forum.doom9.org/showthread.php?t=169984

Hybrid:

http://www.selur.de

Box4:

https://forum.videohelp.com/threads/390063-Box4-v3-%28F-I-N-A-L%29

Drax:

https://github.com/stevie910/drax

Handbrake le fait peut-être aussi, mais ça fait un moment que je ne l'ai plus utilisé:

http://www.gratilog.net/xoops/modules ... file.php?cid=263&lid=2536

Ou en ligne de commande avec FFmpeg.